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本分所創立於民國七年七月，前身為台灣總督府農事試驗場嘉義支場及民政部殖產局附屬園藝試驗嘉義支場，分別研究熱帶農園藝作物。民國十年八月，兩支場合併為中央研究所嘉義農事試驗支所，民國卅五年四月台灣光復後接收，改組為台灣省農業試驗所嘉義農業試驗支所，直隸於長官公署，民國卅六年五月省府改制，農業試驗所直屬省府，民國卅八年八月改隸於農林廳，將支所改稱為分所。中華民國八十八年七月一日起改隸 [行政院農業委員會農業試驗所嘉義農業試驗分所]。
本分所除總務、會計、人事等三個行政單位外，並設有農藝、園藝、植物保護等三系。員額編制計卅二名，其中五名為行政人員，技術人員廿七名，包括研究員二名、副研究員六名、助理研究員十八名及技佐一名。另有技工、工友及駕駛計五十六名。